17 июля 1919 года первый заместитель Веймарна Константин Матвеев проводит совещание с оставшимися преподавателями. Собрание постановило: в связи с тем, что переезд на Дальний Восток  или в Сибирь теперь невозможен, институт остается и продолжает работу в Екатеринбурге.

Организовывать учебную жизнь приходилось фактически с нуля: вуз потерял свои временные помещения (их отдали под лазареты для раненых), местные власти не оказывали никакой помощи. В городе бушевала эпидемия тифа.

Тем не менее 1 ноября 1919 года УГИ начинает свой третий учебный год  и первый в советской России.

В состав института входили пять факультетов: геологоразведочный, рудничный, химико-металлургический, механико-металлургический и инженерно-лесной. В ближайших планах было открытие горно-геодезического факультета. В штате института числилось 25 человек, из них пять профессоров. 

Обучение распоряжением новой власти стало бесплатным. В первую очередь в институт принимали представителей пролетариата и беднейшего крестьянства. К учебе в вузе рабоче-крестьянская молодежь, зачастую имевшая только три класса образования, готова не была, поэтому 16 сентября 1919 года в Горном создается рабфак. Впоследствии он дал путевку в жизнь многим десяткам выдающихся ученых и инженеров.

9 ноября 1919 года Константин Матвеев, благодаря деятельности которого институт продолжил свою работу в Екатеринбурге, сложил полномочия. Новым ректором стал выпускник Петербургского горного института, выдающийся топограф и геодезист Николай Георгиевич Келль.

Началась сложная работа по поиску помещений и обустройству лабораторий. Несколько раз делегация от УГИ выезжала в Москву и Петроград: уральцы просили освободить студентов от призыва по мобилизации, выделить средства на оборудование для кабинетов, объявить конкурс на замещение вакантных должностей профессорско-преподавательского состава.

7 декабря 1919 года Горный совет ВСНХ распорядился «предоставить для нужд Екатеринбургского горного института дом бывшего начальника Горного управления […]» и оказать помощь в предоставлении других помещений.

Студенты-горняки находились в трудном материальном положении – стипендию в 600 руб. получали менее 10 процентов от общего числа обучающихся. Чтобы молодые люди могли работать днем, занятия в институте перенесли на раннее утро и вечер. До тех пор, пока экономика не была полностью национализирована, студентов поддерживали горные предприятия.

29 декабря 1919 года в Екатеринбурге состоялось заседание междуведомственного совещания по вопросам создания на Урале научно-технического центра с участием Горного института. Собрание постановило, что следует развивать производство на Урале и Кузбассе для снабжения центра необходимыми ресурсами.

26 августа  1920 года  в Горном институте была создана комсомольская организация. Члены коммунистической ячейки приняли постановление считать всех коммунистов в возрасте до 23 лет комсомольцами.

Примерно в это же время Наркомпрос активизирует работу по созданию в Екатеринбурге Уральского государственного университета. Предполагалось, что УГИ станет «базой, вокруг которой будет  разрастаться университет», как было сказано в постановлении коллегии по строительству нового вуза. Изначально полное слияние государственного университета с горным считалось нецелесообразным. Совтрударм-I (Совет трудовой армии) и вовсе полагал, что от затеи с новым университетом следует отказаться, а вместо этого все силы направить на помощь уже действующему Горному институту. Но и у госуниверситета были мощные сторонники. Один из них – Максим Горький. По просьбе Анатолия Луначарского он упомянул о новом университете в разговоре с Владимиром Лениным. Вождь горячо поддержал идею создания госуниверситета, а также задал вопрос, который решил судьбу Горного: «Почему в вашем проекте не говорится о технической силе  и горной жизни Урала?». По сути, это означало потерю независимости УГИ и вхождение в состав нового университета.

23 августа 1920 года вышло постановление, которое предписывало разделить Горный институт на горный и политехнический, и сделать его частью Уральского государственного университета.

19 октября 1920 года на заседании Совнаркома под председательством   Ленина  был принят Декрет «Об учреждении Уральского государственного университета», в котором в частности говорилось о том, что «в состав Уральского Государственного Университета входят: Горный, Политехнический, Медицинский, Сельскохозяйственный, Педагогический Институты, Институт Общественных Наук и Рабочий Факультет».

Два факультета УГИ – геологоразведочный и рудничный – располагались  в бывшей резиденции Главного начальника Уральского горного управления и в здании конторы страхового общества «Якорь».  Металлургический факультет разместился в здании бывшего Епархиального училища, расположенного на Щепной площади.

Несмотря на глобальные перестройки, УГИ  продолжал активно развиваться и продвигать горную науку на Урале. В первую очередь это стало возможным благодаря выдающимся ученым, которые пришли работать в вуз. 

16 сентября 1920 года «профессором маркшейдерского искусства с правом занять кафедру астрономии» стал выдающийся ученый Пётр Константинович Соболевский, а профессором кафедры динамической геологии – горный инженер-геолог Александр Александрович Гапеев. 

Начинался новый этап в жизни УГИ.