Эхо надвигающейся большой войны горняки ощутили еще летом 1939 года: 150 студентов были призваны в ряды Рабоче-крестьянской Красной армии (РККА) и отправлены в Монголию. В районе  реки Халхин-Гол  прошли ожесточенные сражения – советские войска разгромили  японскую Квантунскую армию, вторгшуюся на территорию Монгольской Народной Республики.            

Утро 22 июня 1941 года горняки встречали на учебных  практиках, вечер – уже в Свердловске, в очередях в комитете комсомола. У многих уже были при себе заявления о добровольном вступлении в Красную Армию.

24 июня 1941 года в СГИ выходит первый военный приказ. В одном из его параграфов перечислялись имена ушедших на фронт студентов и сотрудников: Б.Г. Смирнов, И.Л. Боярских, К.В.Зебзиев, Л.Д.Бовтунов… 

С каждым днем этих имен будет все больше: за годы войны из института в армию было призвано 728 человек – 560 студентов, 74 преподавателя и научных сотрудников, 107 служащих и рабочих.

Звания Героя Советского Союза удостоились пятеро горняков: Андрей Крутошинский, Петр Богатов, Давид Кудрявицкий, Алексей Якимов и Борис Опрокиднев.

5 июля 1941 года профессор СГИ Н.А. Стариков обратился к научным работникам института с призывом: «...Стране нужны в громадном количестве металл, асбест, уголь и другие полезные ископаемые […] Призываю всех научных работников направить свои силы на разрешение боевых задач, выдвинутых переживаемым грозным моментом».

Студентки Горного создали первую в Ленинском районе санитарную дружину, а научные работники, студенты и служащие – дружину народного ополчения. «Мы ездили на посевные, прополочные и уборочные работы в колхозы и совхозы области. Нам приходилось перебирать овощи, разгружать уголь и дрова, чистить занесенные снегом железнодорожные пути на Сортировке выгружать раненых из эшелонов…, строить городской водопровод, прокладывать троллейбусные линии и многое другое. Не впадали в отчаяние, не теряли надежду, приближая своим трудом и верой победу», – вспоминала студентка М.В. Петрова.

Ученые горного института и его выпускники активно включились в геолого-поисковые работы для обеспечения промышленности страны необходимыми минеральными ресурсами.

С 1941 по 1944 год ученые СГИ совершили порядка 60 выездов на горные предприятия Свердловской и Челябинской областей, а также Пермского  края.

В декабре 1941 года Народный Комиссариат цветной металлургии СССР объявил благодарность заведующему кафедрой рудных месторождений доценту А.Е. Малахову и его группе исследователей за открытие новых промышленных перспектив Пышминско-Ключевского месторождения.

С 22 февраля 1942 года  начинает разведку бокситов в  Синарско-Каменском районе геофизическая партия,  сформированная  учеными СГИ.

В феврале 1942 года состоялась и первая в военное время публичная защита докторской диссертации доцента А.Б. Малахова на тему «Геология и металлогения Пышминско-Ключевского рудного поля», имеющей важное оборонное значение.

В марте 1943 года на Урале  был создан добровольческий танковый корпус. Среди тех, кто в первых рядах подал заявления о зачислении,  оказались студенты Свердловского горного института.  

За время войны роль СГИ значительно возросла. Он стал единственным ведущим институтом страны, кадры которого были так необходимы оборонной промышленности. 

«Наша работа сейчас нужна так же, как нужны фронту снаряды... С этой оценки нужно подходить к нашей деятельности», – такая запись сделана в протоколе заседания Ученого совета СГИ в июле 1943 года. 

Институту необходимо было  обеспечить прием на 1 курс  в  количестве 750 человек, в основном на горные специальности: эксплуатация пластовых месторождений, шахтное строительство, маркшейдерское дело, горная электромеханика.  СГИ получил право вернуть с фронта всех преподавателей, студентов и аспирантов.

В 1944 году на СГИ была возложена серьезная  задача по составлению Правил технической эксплуатации месторождений, разрабатываемых открытым способом, которые определяли всю техническую политику в развитии добычи угля  на поверхности земли.